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Accelerating ScienceLearning at the Bench / 分子生物学実験関連 / 無償のクラウドアプリ(Quality Check)を用いてサンガーシーケンスデータを確認してみませんか?

無償のクラウドアプリ(Quality Check)を用いてサンガーシーケンスデータを確認してみませんか?

Written by LatB Staff | Published: 06.22.2022

サンガーシーケンスデータ(.ab1ファイル)は専用のソフトウエアのみで開き、結果を確認することができます。

しかしながら、
・キャピラリーシーケンサーが施設内で供用のため、その付属PCにインストールされた有償ソフトウエアでの解析をすぐに行えない
・自身のPCにサンガーシーケンスデータを閲覧できるソフトウエアがインストールされてない
といったような場合は、すぐにシーケンスデータを確認することができません。

サンガーシーケンスデータを自身のPCで確認したいと思ったことが一度はあるのではないでしょうか?

そこで今回は、無償のクラウドアプリでサンガーシーケンスデータを閲覧する方法について、ご紹介いたします。

▼こんな方におすすめです!
・サンガーシーケンスを実施している方
・サンガーシーケンスデータを開ける無償ソフトウエアをお探しの方
・ご自身のPCでサンガーシーケンスの結果を確認したい方

▼もくじ [非表示]

  • 無償で利用できるThermo Fisher Connectプラットフォームとは?
  • クラウドアプリ“Quality Check”を使用してサンガーシーケンスデータを閲覧する手順
  • クラウドアプリ“Quality Check”は波形の閲覧以外の機能も充実!
    • サンガーシーケンシング ハンドブック

無償で利用できるThermo Fisher Connectプラットフォームとは?

Thermo Fisher Connect™プラットフォームはThermofisher.comのアカウントがあれば、無償でご利用いただけるクラウド型のプラットフォームです。
詳しくは下記web pageをご覧ください。

www.thermofisher.com/jp/ja/home/digital-science/thermo-fisher-connect

Thermo Fisher Connect プラットフォームには下記リンクからサインインいただけます。

apps.thermofisher.com

クラウドアプリ“Quality Check”を使用してサンガーシーケンスデータを閲覧する手順

1. Thermo Fisher Connect プラットフォームのDashboard画面からQuality Checkを選択
サンガーシーケンス_1

<図1>

2. 「Create New Project」を選択後、プロジェクト名を入力し、「OK」をクリック

サンガーシーケンス_2

<図2>

3. 「Import From」をクリック後、「My Computer」をクリックし、該当の.ab1ファイルを選択し、「開く」をクリック

サンガーシーケンス_3

<図3>

4. サンプルファイルアップロード後に「QC」アイコンをクリック

サンガーシーケンス_4

<図4>

5. 任意のサンプルを選択し、「Actions」>「View Details」をクリック

サンガーシーケンス_5

<図5>

6. 各サンプルの波形を確認

サンガーシーケンス_6

<図6>

クラウドアプリ“Quality Check”は波形の閲覧以外の機能も充実!

モビリティファイルを間違って選択してしまった場合や、混合塩基として表示したい場合など、データファイルを基に再解析をすることができます。
・「Basecall」のボタンから設定を変更して再解析できます。
サンガーシーケンス_7

<図7>

また、波形を画像ファイルとして出力したり、塩基配列をテキストファイルとして出力することもできます。

・「Actions」>「Export Traces」から形式を選択してファイルを出力することができます。
サンガーシーケンス_8

<図8>

まとめ

・Thermo Fisher Connect プラットフォームは無償で使用できます
・アプリの一つ“Quality Check”はサンガーシーケンスデータを閲覧することができます
・“Quality Check”では再解析や形式を変更してファイル出力ができます

関連コンテンツ
サンガーシーケンスの原理

サンガーシーケンシング ハンドブック

ダウンロードはこちら

 

研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。

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