ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes

Die ERCC ExFold RNA-Spike-In-Mixe bieten eine Reihe externer RNA-Kontrollen, die eine Leistungsbeurteilung einer Vielzahl von für Genexpressionsexperimente verwendeten Technologieplattformen ermöglichen. Fügen Sie jeder RNA-Probe einen Spike-In-Mix hinzu, und verarbeiten Sie die Spike-In-Mix-haltigen Proben auf Ihrer Plattform. Vergleichen Sie anschließend die Daten des Spike-In-Mix mit bekannten Konzentrationen und Verhältnissen, um den Dynamikbereich, die untere Nachweisgrenze und den Fold-Change Ihrer Plattform zu beurteilen. Von der Verwendung der ERCC ExFold RNA-Spike-In-Mixe kann eine Reihe von Genexpressionstechnologien profitieren, einschließlich Sequenzierung der nächsten Generation (NGS), Microarrays und PCR-basierte Assays. Microarrays müssen Sonden zur Abfrage der ERCC-Transkripte enthalten, um von der Verwendung der ERCC ExFold RNA Spike-In-Mixe profitieren zu können. Weitere Informationen erhalten Sie vom Hersteller der Arrays. Wichtigste Produktmerkmale:

• Etablierung eines Standardmaßes für Datenvergleiche zwischen Genexpressionsexperimenten
• Messung der Empfindlichkeit (untere Nachweisgrenze) und des dynamischen Bereichs eines Experiments
• Quantifizierung von differentiellen Genexpressionen

Deshalb sind externe RNA-Kontrollen erforderlich
Variationen der RNA-Expressionsdaten können auf verschiedene Faktoren zurückgeführt werden, darunter die Qualität des Ausgangsmaterials, das Niveau der Zellstruktur und RNA-Ertrags, die verwendete Plattform und die Person, die das Experiment durchführt. Als Kontrolle über diese Variabilitätsursachen wurde durch das External RNA Controls Consortium (ERCC), einer Ad-Hoc-Gruppe akademischer, privater und öffentlicher Organisationen unter Aufsicht des National Institute of Standards and Technology (NIST), eine gemeinsame Reihe externer RNA-Kontrollen entwickelt. Diese Kontrollen umfassen einen Satz unmarkierter polyadenylierter Transkripte, die einem RNA-Analyse-Experiment nach der Probenisolierung hinzugefügt werden, um Messungen gemäß definierten Leistungskriterien durchzuführen. Bis zur Einführung solcher generell akzeptierten Kontrollen war es schwierig, eine gründliche Untersuchung der fundamentalen analytischen Leistungsmetrik durchzuführen. Aus dem bewährten Markenangebot an RNA-Reagenzien sind nun die ERCC ExFold Spike-in-Mischungen kommerziell verfügbar. Dabei handelt es sich um gebrauchsfertige Gemische von 92 Transkripten, abgeleitet aus und rückführbar nach NIST-zertifizierten DNA-Plasmiden. Die Transkripte sind zwischen 250 und 2.000 nt lang und entsprechen natürlichen eukaryotischen mRNAs.

Nutzen Sie das volle Potenzial von RNA-Analysen
RNA-Analyse, einschließlich Genexpressions-Profiling und Gesamt-Transkriptom-Überwachung, können zu einem besseren Verständnis der Expressionsmuster bei Erkrankungsstadien beitragen und bieten größere Einblicke in biologische Abläufe und molekulare Mechanismen, die das Zellschicksal, die Entwicklung sowie den Krankheitsfortschritt bestimmen. Die traditionellen Methoden für RNA-Analysen, wie z. B. qRT-PCR und Microarrays, haben sich bewährt, werden nun jedoch durch die nächste Generation der Sequenzierung, eine digitale Alternative mit hohem Durchsatz, ersetzt. Da jede Methode mehrere Plattformen umfasst und der Bedarf nach Vergleichen verschiedener Proben auf Plattformen in der ganzen Welt besteht, ist ein Standardmaß für Datenvergleiche erforderlich geworden. Es gibt immer mehr Möglichkeiten für RNA-Analysen, und deshalb wird eine vereinheitlichte Datenansicht immer wichtiger.

Erzielen und vergleich Sie Ergebnisse mit bestätigter Genauigkeit
ERCC ExFold RNA Spike-In-Mischungen dienen für Standard-Ausgangsmessungen von RNA sowohl in einem Experiment als auch über mehrere Experimente mit verschiedenen Proben und Plattformen hinweg. Mit zwei Spike-in-Gemischen (siehe Abbildung) können verschiedene Messungen, wie z. B. die Empfindlichkeit und der dynamische Bereich, zur Bewertung verschiedener Parameter in einem Experiment oder bei mehreren Experimenten geprüft werden (siehe Abbildung). Darüber hinaus können mit einem hohen Maß an Verlässlichkeit mittels hochkonkordanter Beziehung zwischen ExFold RNA Spike-In 1 und ExFold RNA Spike-In 2 Fold-Change-Verhältnisse zwischen zwei Proben berechnet werden (siehe Abbildung). Die Messungen werden anhand bekannter molarer Konzentrationen für jedes Transkript in einem Spike-in-Gemisch und durch Kombination der Verhältnisse von 4 unterschiedlichen Untergruppen der 92 Transkripte bestimmt. Die Kontrollen eignen sich ideal für Sequenzierungsexperimente der nächsten Generation, wie beispielsweise auf dem SOLiD™ System, und für unterstützte Microarray-Plattformen wie Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Wählen Sie zwischen flexiblen Optionen für ERCC-Kit-Konfigurationen
Mit ERCC Spike-in-Kontrollmischungen können dynamische Bereiche und Genexpressions-Faltungsänderungen gemessen werden. Sie sind als zwei unterschiedliche Kits je nach Bedarf des Experiments erhältlich. Verwenden Sie ERCC Spike-In Mix, um den dynamischen Bereich und das untere Detektionslimit Ihrer Plattform zu bestimmen, und verwenden Sie ERCC ExFold Spike-In Gemische zur Beurteilung der Genauigkeit differentieller Genexpressionsmessungen.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nuklease-freies Wasser
ERCC RNA Spike-In Mix (Bestell-Nr. Nr. 4456740)	10 μl	—	—	1,75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In-Mixe (Kat.- Nr. 4456739)	—	10 μl	10 μl	1,75 ml

* Obwohl ERCC RNA Spike-In Mix 1 und ExFold Spike-In Mix 1 gleich formulierte ERCC-Transkripte enthalten, kann ERCC RNA Spike-In Mix 1 für Analysen von Faltungsänderungen nicht mit ExFold Spike-In Mix 1 ersetzt werden. Verwenden Sie nur ExFold Spike-In Mix 1 und Mix 2 derselben Herstellungs-Charge.