Para que las proteínas bioterapéuticas sean eficaces se deben producir en formas biológicamente activas con plegado adecuado y modificaciones postraducción (PTM). El software Thermo Scientific™ PepFinder™ ofrece identificación precisa, caracterización en profundidad y cuantificación relativa de proteínas bioterapéuticas y de otros tipos procedentes de datos de espectrometría de masas. Proporciona flujos de trabajo automatizados para identificar glucopéptidos, asignar puentes disulfuro y cuantificar PTM. El software PepFinder automatiza los procesos manuales que requerían mucho tiempo, procesando datos complejos e integrando los resultados en informes concisos.
Configuración de experimentos más sencilla
El software PepFinder facilita la definición de la secuencia de proteínas objetivo, la selección de enzimas de digestión proteolítica y la asignación de modificaciones postraslacionales posibles y conocidas a la búsqueda. Las secuencias de proteínas pueden importarse desde FASTA y archivos de texto; también se pueden pegar secuencias en un cuadro de texto.
Compatibilidad con modificaciones personalizadas
Más allá de su extensa biblioteca de modificaciones comunes, el software PepFinder admite la creación de las modificaciones personalizadas por parte del usuario, esenciales para los estudios de conjugado de fármacos anticuerpos (ADC).
Compatibilidad con todos los modos de fragmentación
El software PepFinder aprovecha al máximo las funciones del espectrómetro de masas y admite la disociación por transferencia de electrones (ETD) y la disociación colisional de energía superior (HCD), así como la disociación inducida por colisión (CID).
Detección de componentes rápida y precisa
El software PepFinder proporciona una detección de componentes rápida y automatizada: detección de masas peptídicas, tiempos de retención y abundancia. Los distintos algoritmos exclusivos de detección de componentes se adaptan a los diferentes tipos de instrumentos y experimentos para obtener análisis más rápidos y exactos.
Identificación de modificaciones sin especificar y sustituciones
La búsqueda con tolerancia de errores permite la identificación de modificaciones sin especificar y sustituciones de aminoácidos. Se puede generar un mapa de fragmentación fácilmente para la confirmación.
Determinación de enlaces de puente disulfuro
El software PepFinder automatiza la determinación de enlaces de puente disulfuro, una tarea extremadamente difícil de realizar manualmente. La asignación de enlaces de puente disulfuro se consigue mediante el procesamiento de archivos de datos no reducidos. No se requiere ningún conocimiento previo del sitio de enlace, por lo que los nuevos enlaces y los posibles cifrados de puentes disulfuro se pueden identificar y confirmar mediante MS/MS. Se pueden comparar conjuntos de datos reducidos y no reducidos para obtener más fiabilidad.
Comparación entre muestras
La comparación de varias muestras proporciona mayor fiabilidad en experimentos de asignación de puentes disulfuro al facilitar la comparación de las condiciones reducidas y no reducidas.
Procesamiento más rápido
El software PepFinder funciona en entornos de 64 bits, por lo que se eliminan las limitaciones de memoria y puede aprovechar las ventajas de la última tecnología informática para conseguir un procesamiento de muestras más rápido.
Generación de informes automática
El software PepFinder genera resúmenes de modificaciones exhaustivos y específicos del centro, así como mapas de cobertura de secuencia para las proteínas específicas, lo que elimina la complicada y tediosa tarea del resumen manual.