TaqMan™ Kopienanzahl-Referenzassay, RNase P, Mensch

Humane TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays werden mit humanen TaqMan™ Kopienzahl-Assays in einer Duplex-real-time PCR-Reaktion durchgeführt, um Variationen in der Kopienzahl (CNV) und kleinere Regionen im menschlichen Genom nachzuweisen und zu messen.Es gibt zwei Optionen für Gene, die als endogene Referenzgene beim Menschen genutzt werden können:RNase P und TERT.TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays sind für die Erfassung einzigartiger genomischer Sequenzen im Referenz-Genom ausgelegt (Build GRCh38) und sind für die relative Quantifizierung von Zielsequenzen mit niedriger Kopienzahl erforderlich.

TaqMan™ Kopienzahl-Assays quantifizieren das Gen von Interesse und normieren auf ein endogenes Referenz-Gen, das bekanntermaßen in einem diploiden Genom in zwei Kopien vorliegt.Bitte beachten Sie, dass TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays artenspezifisch sind.

RNase P:Die Option für Standard-Referenzgene
TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assays verfügen über eine VIC™ Farbstoff-markierte TAMRA™ Sonde und Referenzsequenz-spezifische Vorwärts- und Rückwärts-Primer.Die Assays sind nicht Primer-begrenzt.

TaqMan™ Kopienzahl-Referenz-Assay RNase P wird als Standard-Referenz-Assay für die Analyse von Kopienzahlen empfohlen.Dieses Assay erkennt das Ribonuklease P RNA-Komponente H1-(H1RNA)-Gen (RPPH1) auf dem Chromosom 14, Zytoband 14q11.2.Die Assay-Lokalisierung ist Chr.14:20343370 auf Build GRCH38.Er verfügt über ein 87 bp-Amplikon, das sich innerhalb des RPPH1-Gens mit nur einem Exon befindet.

™ Der TaqMan Kopienzahl-Referenz-Assay TERT ist ein alternativer Referenz-Assay. Er wird für den Fall empfohlen, dass der RNase P-Assay aufgrund von Chromosomenaberrationen oder anderen Problemen nur schlecht bei einer Probe funktioniert.Dieser Assay zielt auf das Telomerase-Reverse-Transkriptase-(TERT)-Gen auf Chromosom 5, Zytoband 5p15.33 ab.Die Assay-Lokalisierung ist Chr5:1253257 auf Build GRCHh38.Er hat ein 88 bp-Amplikon, das sich innerhalb von Exon 16 des TERT-Gens befindet.

Der einfachste Arbeitsablauf für die Kopienzahl-Analyse
TaqMan™ Kopienzahl-Assays haben den einfachsten Arbeitsablauf aller derzeit erhältlichen Kopienzahl-Analysemethoden.Der Test-Assay (FAM™ Farbstoff–markiert), der Referenz-Assay (VIC™ Farbstoff–markiert), Ihre Proben-DNA und TaqMan™ Master Mix werden kombiniert und laufen dann auf einem Applied Biosystems™ Echtzeit-PCR-System mit dem standardmäßigen TaqMan™ Kopienzahl-Assay-Protokoll.Im Durchschnitt dauert es von der Einrichtung bis zur primären Analyse nur 3 – 4 Stunden (einschließlich ca. 2 Stunden PCR-Lauf).

Leistungsstarke Datenanalyse-Software
CopyCaller™ Software wurde speziell für die Datenanalyse beim TaqMan™ Kopienzahl-Assay entwickelt.Diese kostenlose, anwenderfreundliche Software nutzt eine graphische Benutzeroberfläche, die eine mögliche Kopienanzahl einer Probengruppe schnell und in einem Durchlauf berechnet.Sie gibt außerdem einen Konfidenzwert für jede Kopienzahl und hat eine Ausreißer-Funktion.