Calcein Blue AM ist ein zellmembrangängiger Markierungsfarbstoff für Lebendzellen. Beim Eintritt in die Zelle spalten intrazelluläre Esterasen die Acetoxymethyl (AM)-Estergruppe, wodurch der nicht-membrangängige fluoreszierende Farbstoff Calcein Blue freigesetzt wird. Apoptotische und tote Zellen mit beeinträchtigten Zellmembranen nehmen Calcein Blue nicht auf. Calcein Blue wird idealerweise durch einen UV-Laserstrahl (360 nm) angeregt, kann jedoch auch durch einen violetten Laserstrahl (405 nm) angeregt werden und hat eine Spitzenemission von 445 nm, die unter Verwendung von Filter für Pacific Blue™/eFluor™ 450 (450/50) nachgewiesen werden kann. Bei der Fluoreszenzmikroskopie kann es mit entsprechenden Filtersets nachgewiesen werden. Calcein Blue AM selbst ist schwach fluoreszierend. Möglicherweise ist ein zusätzlicher Reinigungsschritt notwendig, um die Hintergrundfluoreszenz zu verringern. Eine gleichzeitige Färbung mit Annexin V oder 7-AAD wird empfohlen, um eine größtmögliche Auflösung zwischen lebenden und toten/apoptotischen Zellen zu ermöglichen.
Calcein Blue AM sollte in hochwertigem, frisch geöffnetem DMSO rekonstituiert werden. Nach der Rekonstitution sollte es bei -20 °C mit einem Trockenmittel gelagert und nach kurzer Zeit verwendet werden. Wiederholtes Einfrieren und Auftauen vermeiden.