FDP ist ein farbloses und nicht fluoreszierendes Substrat für alkalische Phosphatasen. Die durch alkalische, Phosphatase-vermittelte sequenzielle Hydrolyse der beiden Phosphatsubstituenten führt zu schwach fluoreszierendem Fluorescein-Monophosphat, gefolgt von stark fluoreszierendem Fluorescein (Anregung/Emission ∼490/514 nm).
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