Oncomine™ Immune Response Research Assayは、Ion Torrent™ 次世代シークエンシング（NGS）プラットフォーム用にデザインされた標的遺伝子発現アッセイです。このがん遺伝子発現アッセイは、腫瘍微小環境の解析のためにデザインされており、レトロスペクティブまたはプロスペクティブな臨床研究コホートにおける、免疫療法の機構研究および予測バイオマーカーの同定が可能です。アッセイは腫瘍免疫相互作用に関与する遺伝子の発現を測定するために最適化されています。それには炎症性シグナル伝達に関与する低発現遺伝子も含まれます。

このアッセイにはマニュアルでライブラリー構築するための試薬と、マルチプレックスPCRの実行に用いられる単一のプライマープールが含まれており、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルからアンプリコンライブラリーを調製します。このアッセイは異なる白血球サブセット、抗原提示、チェックポイント経路、および腫瘍進行に関与するマーカーの発現を定量的に評価することができます。この400遺伝子アッセイはユーザーフレンドリーなインフォマティクスワークフローでサポートされており、FFPEサンプルから低発現遺伝子解析を行うための高い感度を示しています。Oncomine Immune Response Research Assayは Ion AmpliSeq™技術を活用し、わずか10ngのトータルRNAから結果をもたらし、難しいFFPEサンプルにおいて優れた性能を発揮します。

アッセイワークフロー
Oncomine Immune Response Research Assayのマニュアルワークフローは Ion S5™および Ion PGM™ シークエンシングシステムを用いた多数検体の同時処理が可能です。サンプル抽出から結果を得るまでの全ワークフローは48時間未満で完了します。注：自動化対応アッセイ（カタログ番号No. A32928）が Ion Chef™ Systemを用いた自動モードでのIon AmpliSeqライブラリーの調製に使用できます。

アッセイ性能
• 様々な種類の固形腫瘍において遺伝子発現解析の高い再現性と高感度な検出
• 少ないサンプルインプット量（10ngのトータルRNA）
• インターロイキンやインターフェロンγなどの低発現シグナル伝達分子の高感度検出
• 1回のランで8サンプルを解析できる柔軟性を持つ高度なサンプルマルチプレックス解析
• 効率的なワークフローにより48時間未満でサンプルから結果を取得
• 自動化およびシームレスに統合された解析ソリューション
• 遺伝子およびパスウェイの機能的アノテーションがついた、免疫監視および腫瘍進行メカニズムの解釈

インフォマティクス
Oncomine Immune Response Research Assayには最適化されたインフォマティクスと視覚化ソフトウェアが含まれており、データ分析の複雑さを最小限に抑えています。解析ワークフローは Immune Response Torrent Suite™ Plug-in で自動化されたデータ探索コンポーネントと、Affymetrix™ Transcriptome Analysis Console （TAC）より提供される2グループの差分分析で構成されています。これらのツールにより一般的な遺伝子発現解析とエクスポート可能なデータファイルの統合プロセスが提供され、サードパーティーのソフトウェアを用いた更なる解析が可能となります。具体的には、以下のツールが提供されます：
• データの正規化のためのQC測定基準およびハウスキーピング遺伝子の発現
• ユーザ定義の遺伝子セットを用いた、またはパネル上のすべての遺伝子によるサンプルの階層的クラスタリング
• PCA、ヒートマップ、および遺伝子発現分布プロットを用いた可視化
• 豊富な相関プロットを用いたサンプル相関
• 使いやすい表データ形式（TAC）でのfold-changeの推測
• 遺伝子を差次的に可視化するボルケーノプロット解析（TAC）