DNAに取り込むと、5-（3-アミノアレル）-dUTPは他の化学基を追加するための反応基を提供します。修飾dUTPは、逆転写酵素によって容易に取り込めます。アミノアレル修飾では、N-ヒドロキシスクシンイミド（NHS）エステルなどのアミン反応性化合物とのダウンストリーム反応が可能になります。そのため、アミノアレル修飾cDNAには、アミン反応性の基剤を標識化できます。

この修飾ヌクレオチドの使用：
逆転写用のプロトコルで推奨されている5-（3-アミノアレル）-dUTPを使用します。dTTPの30–80 %を5-（3-アミノアレル）-dUTPに置き換えることが有用な場合がありますが、正確な比率は実験目標によって異なります。