バイオ医薬品のタンパク質が有効であるためには、適切なフォールディングおよび翻訳後修飾 (PTMs) により、生物学的に活性な形態で製造される必要があります。Thermo Scientific™ PepFinder™ ソフトウェアは、質量分析データから、バイオ医薬品やその他のタンパク質の正確な同定、綿密な特性解析、および相対的な定量を行います。このソフトウェアは、糖ペプチドの同定、ジスルフィド結合マッピング、および PTMs の定量の自動ワークフローを提供します。PepFinder ソフトウェアは、以前は時間がかかっていた手動プロセス、複雑なデータの処理、結果を簡潔かつ有益なレポートに統合する作業を自動化します。
簡易化された実験のセットアップ
PepFinder ソフトウェアを使用すると、目的のタンパク質配列の決定、タンパク質分解消化酵素の選択、既知および潜在的な翻訳度修飾の検索への割当てが容易になります。タンパク質配列は、FASTA およびテキストファイルからインポートでき、配列をテキストボックスに貼り付けることも可能です。
カスタム修飾をサポート
PepFinder ソフトウェアは、一般的な修飾の広範囲なライブラリ以外に、抗体薬物複合体 (ADC) の研究に不可欠なユーザーによるカスタム修飾の作成もサポートします。
フラグメンテーションのすべてのモードをサポート
PepFinder ソフトウェアは、質量分析計の性能の全ての利点を活用し、電子移動解離 (ETD)、高エネルギー衝突解離 (HCD)、および衝突誘起解離 (CID) をサポートします。
迅速で正確な成分検出
PepFinder ソフトウェアは、ペプチド質量の検出、保持時間、および存在量などの成分検出を高速で自動的に行います。より速く、より正確に分析できるように、複数の特殊成分検出アルゴリズムが異なる実験や装置のタイプに合わせて調整されています。
未指定の修飾および置換の同定
エラートレラント検索により、未指定の修飾およびアミノ酸置換の同定が可能です。フラグメンテーションマップを簡単に作成でき、確認に使用できます。
ジスルフィド結合位置の決定
PepFinder ソフトウェアは、手動では非常に困難な作業となる、ジスルフィド結合位置の決定を自動化します。ジスルフィド結合位置のマッピングは、非還元のデータファイルを処理することにより達成されます。結合位置の事前知識を必要としないため、新規の結合位置および潜在的なジスルフィド結合スクランブルを同定し、MS/MS により確認できます。非還元および還元処理したデータセットを比較して、さらに信頼性を高めることが可能です。
サンプルの比較
複数のサンプルの比較は、非還元および還元処理したサンプルの比較を容易にすることで、ジスルフィドマッピングの信頼性を大幅に高めます。
処理の高速化
PepFinder ソフトウェアは 64 ビットに対応しており、メモリ制限を排除し、最新のコンピュータ技術の利用を可能にするため、高速のサンプル処理を実現します。
自動レポート生成機能
PepFinder ソフトウェアは、目的タンパク質の包括的なサイト固有の修飾の要約や配列カバー率マップを作成し、困難で手間のかかる、手作業による要約作成を排除します。
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